الافتقار إلى الفرص الاقتصادية هو من الأسباب الجذرية للهجرة غير النظامية. والذين يهاجرون هم في الغالب من الشباب الذين يبحثون عن فرص اقتصادية أفضل في أماكن أخرى، مما يساهم في هجرة الأدمغة. كما أن تغير المناخ هو عامل رئيسي يدفع السكان لترك أوطانهم. 

وتعالج مبادرة الاستدامة والاستقرار والأمن في أفريقيا المسائل المترابطة المتعلقة بالقدرة على الصمود في وجه تغير المناخ، وبطالة الشباب، والهجرة. ومن خلال تعزيز الموارد الطبيعية والبشرية والمؤسسية، تعزز المبادرة الاستدامة، والاستقرار، والأمن. 

وبالشراكة مع اتفاقية الأمم المتحدة لمكافحة التصحر، يضع الصندوق برنامجا لتعظيم أثر التحويلات المالية للمهاجرين واستثمارات الشتات من أجل تعزيز قدرة المناطق الريفية على الصمود في وجه تغير المناخ، وتعزيز الاستخدام المستدام للأراضي في أفريقيا. كما يولّد سبل عيش للحد من حوافز الهجرة، ولا سيما في منطقة الساحل.