يشترك الصندوق مع اليابان في الاعتقاد بأن تخفيض الفقر وتقوية الأمن الغذائي لا يتعلق برفع المدخول وزيادة الإنتاج فحسب. لرفاهية البشر أبعاد اجتماعية إضافة إلى الأبعاد الاقتصادية وهي بحاجة إلى أن تتم تلبيتها في السياق الأوسع للأمن الإنساني.

تعتمد خطة الصندوق للتحويل الريفي على دعم المجتمعات الريفية باعتبارها محركات قوية للتنمية المستدامة والمركزة على الناس، وأيضاً باعتبارها مجتمعات حيوية ومسالمة. يضمن عمل الصندوق تقوية وتمكين الناس الفقراء في تلك المجتمعات النائية الريفية وبدون ترك أي أحد في الخلف.

يعمل الصندوق واليابان سويةً في أفريقيا بشكل خاص، مع أخذ اليابان لمبادرة رائدة في إقامة مؤتمر طوكيو الدولي للتنمية الأفريقية (TICAD). إن تركيز الصندوق الاستراتيجي متقارب كثيراً من أولويات اليابان الرسمية للمساعدات الإنمائية، والتي تضم قضايا تمكين النساء، والتغير المناخي، والتغذية، والمشاركات الإنتاجية الخاصة والعامة.

وباعتبارها عضواً مؤسساً للصندوق، فقد تبرعت اليابان بمبلغ إجمالي قدره 504 مليون دولار أمريكي لتجديدات موارد الصندوق المنتظمة. كما قدمت اليابان دعمها من خلال المساهمات التكميلية، ومن ضمنها 5.8 مليون دولار أمريكي بهدف قضية تمكين وتقوية النساء.

تعمل اليابان في المجلس التنفيذي للصندوق منذ بدايته. كما تساهم في مباحثات الصندوق على المستوى المؤسساتي وذلك من خلال مشاركتها في العملية الاستشارية للتجديد الحادي عشر لموارد الصندوق (IFAD11) وفي المجموعة العاملة على نظام المنح المعتمد على الأداء (PBAS).