Le Conseil d’administration est le deuxième organe directeur principal du FIDA. Il comprend 18 membres élus et 18 suppléants. La présidence des sessions du Conseil d’administration est assurée par le Président du FIDA.
Le Conseil d’administration a le plein pouvoir de décider du programme de travail, d’approuver les projets, programmes et dons, et d’adopter ou de recommander (sous réserve de l’approbation du Conseil des gouverneurs) toute décision visant les questions de politique, le budget administratif annuel, les demandes d’adhésion et la dotation en personnel du Fonds.
Les membres et les suppléants sont élus au sein de leur listes et sous-listes respectives, pour un mandat de trois ans, et soumis à l’approbation du Conseil des gouverneurs:
Liste A (à l'origine Catégorie I)
Liste B (à l'origine Catégorie II)
Liste C (à l'origine Catégorie III) et au sein de la Liste C:
Sous-Liste C1 pour les pays d'Afrique
Sous-Liste C2 pour les pays d'Europe, d'Asie et du Pacifique
Sous-Liste C3 pour les pays d'Amérique latine et des Caraïbes
Les membres et les suppléants du Conseil d’administration représentent les autres membres de leurs listes respectives. Le nombre total de voix au Conseil d’administration dépend à la fois du nombre de membres et des contributions, et correspond au nombre total de voix de tous les États membres.
Le Président du FIDA est également président du Conseil d’administration.
À sa soixante dix-huitième session, le Conseil d’administration a adopté la politique du FIDA en matière d’évaluation, qui consacre l’indépendance du Bureau de l’évaluation par rapport à la direction du FIDA. En conséquence, le directeur du Bureau de l’évaluation rend maintenant compte directement au Conseil d’administration, qui supervise les travaux du Bureau.
Le Conseil siège trois fois par an, en avril/mai, septembre et décembre. La date exacte des sessions est fixée par le Conseil.
Le Conseil d’administration peut créer des organes subsidiaires chargés de traiter des questions particulières et de lui rendre compte.